Οι Ακαδημίες του Ατρομήτου Λάππα λειτουργούν από το 2005. Τις απαρτίζουν νέοι αθλητές από την ευρύτερη περιοχή απο ηλικίες 6 εως 14 ετών. Συμμετέχουν σε όλα τα πρωταθλήματα της ΕΠΣΑ και έχουν φέρει στην ομάδα πολλές διακρίσεις και πρωταθλήματα.

Οι Ακαδημίες είναι το μαγάλο μεράκι της Διοίκησης του Ατρόμητου. Τα ταλέντα που θα αναδειχθούν από αυτές θα βοηθήσουν στην επιβίωση και σωστή λειτουργία της ομάδας. Αλλά το πιο βασικό, είναι η κοινωνική προσφορά που παρέχει η λειτουργία των Ακαδημιών στην ευρύτερη περιοχή.